埋設農薬の管理においては、都道府県等が、土壌調査や水質調査等を行い、周辺環境が当該農薬に汚染されていないことを定期的に確認しています。都道府県等で、適切に無害化処理が行える場所から順次、無害化処理を進めています。
農林水産省は、都道府県等に対し、処理計画の策定や環境調査に必要となる財政的な支援及び技術的指導を行っています。

昭和20年代から農薬登録されていた有機塩素系農薬（BHC、DDT、アルドリン、ディルドリン及びエンドリン）は、残留性が高いなどの問題があったため、昭和46年に販売の禁止又は制限を行いました。これらの農薬は、当時、無害化処理法が確立されていなかったことから、昭和46年に農林水産省（当時、農林省）が、これらの農薬を周辺に漏洩しない方法により埋設処理を行うことを決め、農林水産省の指導に基づき、都道府県、市町村、農業者団体等により埋設処理が行われました。こうして埋設された農薬を「埋設農薬」と呼んでいます。

これらの農薬は、2001年（平成13年）に採択された「残留性有機汚染物質に関するストックホルム条約（POPs条約）」により、適切な管理を行うこと及び処理を行う場合は環境に配慮した適正な方法で実施することが求められています。
このため、農林水産省は、平成13年に埋設農薬の状況を調査しました。

さらに、技術の進歩により、環境を汚染せずに埋設農薬を無害化する処理法が確立したことから、農林水産省は、埋設農薬の処理が着実に進むよう、平成16、17年度において、都道府県向けの補助金による支援を行いました。また、平成18年度以降は、当該補助金に見合った金額を税源移譲したことに伴い、都道府県等が、埋設農薬の管理や処理を行っています。

埋設農薬の管理においては、都道府県等が環境に配慮し適切に実施する必要があります。また、無害化処理を行う際は、環境を汚染しないよう、掘削する範囲を特定したり、周辺に漏洩がないかを確認した上で処理を進めています。
農林水産省は、都道府県等に対して、処理計画の策定や環境調査に必要となる財政的な支援及び技術的指導を行っています。

平成13年調査において、確認された埋設農薬は、全国24道県、168カ所の約4,400トンでした。
その後の埋設農薬の管理状況を把握するため、平成20年4月時点における都道府県の管理状況を調査しました。
その結果、全国46カ所の約2,200トンの農薬が、既に無害化処理されており、残りの11道県の約2,200トンの農薬は、適切に管理されていました。

平成20年4月から平成27年9月までに、関係道県等において、約1,880トンの埋設農薬が無害化処理されました。
残りの約320トンの埋設農薬は、関係県等が、土壌調査、水質調査等の実施により、周辺環境が汚染されないよう適切に管理しています。埋設農薬の管理及び処理の状況は（別表）のとおりです。